Bioinformata Pleno

O Centro de Integração de Dados e Conhecimentos para Saúde (Cidacs/Fiocruz Bahia) está recrutando um(a) Bioinformata Pleno para atuar no Piloto do Repositório Nacional de Dados Genômicos do Programa Genomas Brasil, integrando e curando dados genômicos, fenotípicos e clínicos provenientes de projetos financiados pelo DECIT/MS.

Sobre o CIDACS:

O CIDACS/Fiocruz Bahia é um centro dedicado à integração e análise de grandes volumes de dados para pesquisa em saúde. A equipe trabalha em ambiente multidisciplinar, com infraestrutura de HPC, data lake seguro e ambientes controlados para processamento de dados sensíveis. 

• Desenvolver, adaptar e executar pipelines de bioinformática para processamento de dados genômicos humanos, incluindo pré-processamento, alinhamento, processamento de BAM/CRAM e chamada de variantes, utilizando Nextflow, containers e boas práticas de reprodutibilidade.
• Realizar controle de qualidade e curadoria de dados genômicos humanos, avaliando métricas e resultados de FASTQ, BAM/CRAM e VCF, identificando inconsistências e apoiando a definição de critérios de qualidade.
• Automatizar processos de processamento, ingestão e curadoria, buscando eficiência, padronização, rastreabilidade e execução em escala em ambientes HPC.
• Investigar e solucionar problemas técnicos relacionados a pipelines, ferramentas, execução em HPC, qualidade dos dados e resultados das análises.
• Elaborar e manter documentação técnica e procedimentos operacionais, garantindo reprodutibilidade, rastreabilidade, governança e continuidade dos fluxos desenvolvidos.
• Colaborar na integração e harmonização de dados genômicos, fenotípicos e clínicos no contexto do Repositório Nacional Genômico.

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QUALIFICAÇÕES E REQUISITOS OBRIGATÓRIOS:

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EXPERIÊNCIA:

• Mínimo de três anos de experiência em bioinformática, acadêmica ou profissional, com atuação prática no processamento e análise de dados de sequenciamento de DNA genômico por NGS.
• Experiência consistente na implementação, execução, manutenção ou otimização de pipelines reprodutíveis.
• Experiência em projetos de genômica humana com responsabilidade direta pela execução de análises, investigação de problemas e interpretação dos resultados gerados.

HABILIDADE TÉCNICAS:

• Experiência prática com Nextflow, incluindo desenvolvimento, execução e troubleshooting de pipelines.
• Experiência sólida em Linux e Shell Script.
• Experiência prática em ambientes HPC, incluindo SLURM, submissão e monitoramento de jobs, alocação de recursos, filas, logs e armazenamento compartilhado.
• Conhecimento prático de fluxos de processamento de dados genômicos, incluindo controle de qualidade, mapeamento, processamento de BAM/CRAM e chamada de variantes.
• Familiaridade prática com ferramentas amplamente utilizadas em genômica humana, como GATK, BWA, SAMtools/bcftools e Picard, ou ferramentas equivalentes.
• Conhecimento dos formatos FASTQ, BAM/CRAM, VCF e gVCF, incluindo compreensão dos principais resultados e métricas gerados durante o processamento.
• Experiência com containers, como Docker e Singularity/Apptainer.
• Experiência com Git e controle de versão.

Esta é uma posição de nível pleno e requer experiência prática prévia em Bioinformática e Genômica Humana. Buscamos profissionais que já tenham utilizado essas tecnologias em projetos reais e tenham autonomia para executar análises, investigar problemas e compreender seus resultados. Experiência exclusivamente obtida em cursos, treinamentos ou execuções pontuais não é suficiente para a posição.

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DESEJÁVEIS, MAS NÃO OBRIGATÓRIOS:

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• Experiência com dados humanos de WES e/ou WGS.
• Experiência com análise de variantes germinativas e/ou somáticas.
• Experiência com pipelines nf-core.
• Experiência com padrões GA4GH, especialmente DUO e Phenopackets.
• Experiência com dados fenotípicos e clínicos, REDCap, HPO, MONDO ou OMOP-CDM.
• Experiência com processamento em GPU e NVIDIA Parabricks.
• Inglês intermediário.

DIFERENCIAIS:

• Mestrado ou doutorado em Bioinformática, Genética, Genômica ou áreas correlatas.
• Publicações científicas relevantes em genômica ou bioinformática.
• Experiência prévia em projetos nacionais, multicêntricos ou de grande escala.
• Experiência com CI/CD e boas práticas de engenharia de software.

SOBRE O PROJETO:

Nos próximos 24 meses, vamos transformar milhares de sequências genômicas dispersas em um repositório nacional vivo, seguro e interoperável — com pipelines Nextflow/WDL executando em HPC, controle de qualidade rigoroso e metadados harmonizados.

Estamos construindo o primeiro piloto do Repositório Nacional Genômico, integrando dados genômicos, fenotípicos e clínicos provenientes de projetos financiados pelo DECIT/MS, criando a base para pesquisas em saúde pública, vigilância genômica e medicina de precisão.

Buscamos pessoas inquietas, altamente técnicas e comprometidas com a ciência aberta e o uso ético de dados sensíveis que desejam contribuir para uma das iniciativas mais estratégicas do país em genômica humana.

SOBRE O CIDACS:

O CIDACS é um centro pioneiro na integração de dados, focado em entender, estudar e avaliar as condições de saúde da população brasileira por meio de Big Data. Nosso trabalho auxilia gestores públicos, pesquisadores e a comunidade, contribuindo para transformar vidas. Se você, assim como nós, é apaixonado por tecnologia e inovação, junte-se ao nosso time. Aqui, você encontrará um ambiente acolhedor, propício para desenvolvimento e inovação, repleto de profissionais de diversas formações acadêmicas unidos por um propósito.

Aqui você encontrará:

• Um ambiente acolhedor e colaborativo;
• Profissionais altamente qualificados e multidisciplinares;
• Infraestrutura de ponta (HPC, data lake seguro, TRE);
• Incentivo à inovação, formação contínua e autonomia científica.

Se você é apaixonado por bioinformática, automação e desafios complexos, venha fazer parte dessa missão.

Traga seu talento e comprometimento e venha fazer parte desse time!

Mais informações sobre o Cidacs, acesse: www.cidacs.bahia.fiocruz.br

📍O Cidacs conduz estudos e pesquisas baseados em projetos interdisciplinares originados na vinculação de grandes volumes de dados para ampliar o entendimento dos determinantes e das políticas sociais e ambientais sobre a saúde da população. 📍