Bioinformata Júnior

O Centro de Integração de Dados e Conhecimentos para Saúde (Cidacs/Fiocruz Bahia) está recrutando um(a) Bioinformata Júnior para atuar no Piloto do Repositório Nacional de Dados Genômicos do Programa Genomas Brasil, integrando e curando dados genômicos, fenotípicos e clínicos provenientes de projetos financiados pelo DECIT/MS.

Sobre o CIDACS:

O CIDACS/Fiocruz Bahia é um centro dedicado à integração e análise de grandes volumes de dados para pesquisa em saúde. A equipe trabalha em ambiente multidisciplinar, com infraestrutura de HPC, data lake seguro e ambientes controlados para processamento de dados sensíveis.

• Executar e monitorar pipelines de bioinformática para processamento de dados genômicos humanos em ambientes HPC, acompanhando jobs, uso de recursos, logs, falhas e conclusão das diferentes etapas.
• Verificar resultados e arquivos gerados pelos pipelines, identificando falhas de execução, inconsistências e problemas de qualidade.
• Realizar controle de qualidade e curadoria de dados genômicos humanos, avaliando métricas de FASTQ, BAM/CRAM e VCF.
• Investigar problemas de execução e realizar troubleshooting inicial de pipelines, ferramentas e jobs em HPC, encaminhando problemas mais complexos quando necessário.
• Apoiar ajustes, manutenção e testes de pipelines desenvolvidos em Nextflow.
• Executar rotinas de processamento, ingestão e curadoria de dados, seguindo procedimentos e padrões definidos pelo projeto.
• Registrar execuções, problemas identificados e resultados, mantendo documentação técnica e rastreabilidade dos processos.

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QUALIFICAÇÕES E REQUISITOS OBRIGATÓRIOS:

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FORMAÇÃO:

• Graduação completa em Bioinformática, Biologia, Biotecnologia, Computação, Engenharia Biomédica ou áreas correlatas OU especialização/mestrado em áreas relacionadas à genômica, biologia computacional ou análise de dados biomédicos.

EXPERIÊNCIA:

• Experiência prática em bioinformática, acadêmica ou profissional, com processamento e análise de dados de sequenciamento de DNA genômico por NGS.
• Experiência prévia em projetos de genômica humana, com participação direta na execução de análises
• Experiência prática na execução e acompanhamento de pipelines de bioinformática .

HABILIDADE TÉCNICAS:

• Experiência prática com Nextflow, incluindo execução de pipelines, acompanhamento das etapas e interpretação de logs e erros.
• Experiência prática em Linux e linha de comando.
• Experiência prática em ambientes HPC, incluindo submissão e monitoramento de jobs, filas, logs e uso de gerenciadores como SLURM.
• Conhecimento dos principais fluxos de processamento de dados genômicos, incluindo controle de qualidade, mapeamento, processamento de BAM/CRAM e chamada de variantes.
• Familiaridade prática com ferramentas utilizadas em genômica humana, como GATK, BWA, SAMtools/bcftools e Picard, ou ferramentas equivalentes.
• Conhecimento dos formatos FASTQ, BAM/CRAM, VCF e gVCF e capacidade de avaliar seus principais resultados e métricas.
• Familiaridade com containers, como Docker e Singularity/Apptainer.
• Familiaridade com Git e controle de versão.

Esta é uma posição de nível júnior, mas requer experiência prática prévia suficiente para atuar rapidamente na execução e monitoramento dos pipelines do projeto. Buscamos profissionais capazes de acompanhar execuções, identificar falhas, verificar resultados e realizar troubleshooting inicial com autonomia. Experiência exclusivamente obtida em cursos ou treinamentos, sem aplicação prática em projetos, não é suficiente para a posição.

HABILIDADE INTERPESSOAIS:

• Boa capacidade de organização e aprendizado contínuo.
• Abordagem analítica e curiosidade científica.
• Facilidade para trabalhar em equipe multidisciplinar.
• Comunicação clara e abertura para receber orientação técnica.

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DESEJÁVEIS:

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• Experiência com dados humanos de WES e/ou WGS.
• Experiência com análise de variantes germinativas e/ou somáticas.
• Experiência com adaptação ou desenvolvimento de pipelines em Nextflow.
• Experiência com pipelines nf-core.
• Familiaridade com padrões GA4GH, especialmente DUO e Phenopackets.
• Familiaridade com dados fenotípicos e clínicos, REDCap, HPO, MONDO ou OMOP-CDM.
• Familiaridade com processamento em GPU e NVIDIA Parabricks.
• Inglês intermediário.

DIFERENCIAIS:

• Mestrado em Bioinformática, Genética, Genômica ou áreas correlatas.
• Participação em projetos ou publicações científicas em genômica ou bioinformática.
• Experiência com processamento de grandes volumes de dados.
• Familiaridade com boas práticas de documentação e reprodutibilidade.

SOBRE O CIDACS:

O CIDACS é um centro pioneiro na integração de dados, focado em entender, estudar e avaliar as condições de saúde da população brasileira por meio de Big Data. Nosso trabalho auxilia gestores públicos, pesquisadores e a comunidade, contribuindo para transformar vidas. Se você, assim como nós, é apaixonado por tecnologia e inovação, junte-se ao nosso time. Aqui, você encontrará um ambiente acolhedor, propício para desenvolvimento e inovação, repleto de profissionais de diversas formações acadêmicas unidos por um propósito.

Aqui você encontrará:

• Um ambiente acolhedor e colaborativo;
• Profissionais altamente qualificados e multidisciplinares;
• Infraestrutura de ponta (HPC, data lake seguro, TRE);
• Incentivo à inovação, formação contínua e autonomia científica.

Se você é apaixonado por bioinformática, automação e desafios complexos, venha fazer parte dessa missão.

Traga seu talento e comprometimento e venha fazer parte desse time!

Mais informações sobre o Cidacs, acesse: www.cidacs.bahia.fiocruz.br

📍O Cidacs conduz estudos e pesquisas baseados em projetos interdisciplinares originados na vinculação de grandes volumes de dados para ampliar o entendimento dos determinantes e das políticas sociais e ambientais sobre a saúde da população. 📍